敌怪水母包括蓝水母、粉水母、绿水母、血水母和蘑菇鱼，它们会主动攻击玩家，击败后能掉落荧光棒、水母项链等物品。而作为鱼饵的水母则分为蓝水母、绿水母和粉水母，需要通过钓鱼随机获得，每种都拥有20%的鱼饵力。水母项链有1%几率从敌怪水母掉落，装备后能在水下发光，是制作水母潜水装置的重要材料。
敌怪水母主要生成在地下洞穴层和海洋的水域中，其中蓝水母和绿水母还能在地狱的水中生成。血水母则出现在猩红之地的血腥水域。这些水母在水中会主动靠近并电击玩家，离开水后会变得无法移动。在专家模式中，水母会周期性放电，它们处于无敌状态，如果用近战武器攻击反而会受伤。对付它们最好保持距离使用远程武器，或者等放电结束再近战。
高效刷水母，可以搭建一个长方形封闭空间，在下方留出人物通行空间。然后在地下矿洞找到水母雕像，将其放置在封闭空间内。接着找电工妹NPC购买扳手、线缆和剪线钳来布置线路。用铁矿和金矿制作铁锭和金锭，再用铁链合成金表，最后将金表和线缆放在铁砧上合成一秒计时器。将计时器连接线缆后启动，就能通过雕像刷出水母。倒入岩浆可以自动消灭水母获取掉落物。
水母项链是很有用的配饰，可以和潜水装置在工匠作坊处合成水母潜水装备。这个装备能提供游泳能力，大幅延长水下呼吸时间，并在水中发出粉红色光芒。虽然光芒较微弱，但在水下会变得更醒目。持有芦苇呼吸管时，水下呼吸时间能延长到3分多钟。水母潜水装备还是制作北极潜水装置的材料之一，是探索海洋和深渊区域的实用装备。
灾厄模组中还新增了幻海水母和BOSS水母皇后。幻海水母生成在深渊第三层，会缓慢移动并无视阻挡，受到攻击时会随机传送。水母皇后需要用4珊瑚锭+1海星+1贝壳在恶魔祭坛合成水母共振器来召唤，出现在海边白天。击败后会掉落水母链球、海盗喇叭枪等独特物品，以及能免疫深渊BUFF的海风吊坠。
